Mokykla savo veiklą pradėjo 1993 m. rugsėjo 1 d. Ji vadinosi Vilniaus 12-oji pradinė mokykla. 1994 m. jai suteiktas Medeinos vardas, nes yra Medeinos gatvėje. Tais pačiais metais buvo pašventinta.
Nuo pat pirmųjų mokslo metų mokykla teikė bendrojo lavinimo, specialaus ir sustiprinto anglų kalbos ugdymą. Tuomet buvo 16 klasių, tame tarpe viena specialaus ugdymo klasė. Mokėsi 362 mokiniai dviejuose pamainose.
Nuo 1997 m. rugsėjo 1 d. savo veiklą pradėjo antroji specialaus ugdymo klasė. Laikui bėgant mokinių šiek tiek daugėjo, po to ėmė mažėti ir 2004/2005 mokslo metais mokykloje visi mokiniai mokėsi pirmoje pamainoje.
Mokykloje nuo pat jos įkūrimo buvo sukurti gražūs visų mokyklos darbuotojų, mokinių ir jų tėvų tarpusavio santykiai, pagrįsti bendradarbiavimu ir pagalba vieni kitiems. Jie išliko iki šiol ir yra puoselėjami toliau.
Per visus šiuos mokslo metus mokykloje virė gyvenimas įvairiomis kryptimis. Visų pirma visas dėmesys buvo skiriamas mokiniams. Didžiulė vadovėlių kaita, pasikeitimai mokinių mokymosi ir pasiekimų vertinimo sferoje. Keitėsi ir Bendrosios programos. Aplinkybės vertė nuolat keistis ir pedagogams. Keisti savo požiūrį į mokinių mokymosi galimybes, kitaip jo mokymąsi vertinti ir, žinoma, kelti pedagogo kvalifikaciją. Nuo 1995 m. kvalifikacinės kategorijos suteiktos arba patvirtinta mokytojų turima kvalifikacinės kategorijos atitiktis 41 pedagogui, iš jų vyresniojo mokytojo 38, mokytojo metodininko 3 pedagogams.
Mokykloje bendradarbiaujant su PPRC buvo organizuoti keli dideli seminarai Lietuvos mokyklų pedagogams, vyko konferencijos integracijos, mokinių kūrybiškumo ir meninio ugdymo klausimais. Intensyviai bendradarbiavome ir bendradarbiaujame su Lietuvos universitetais ir kolegijomis, priimdami ir padėdami jų studentams atlikti profesinę praktiką bei tyrimus baigiamiesiems darbams. Visada dalijomės ir sėmėmės patirties iš kitų specialistų: mokykloje svečiavosi daug pedagogų iš įvairių Lietuvos miestų ir miestelių bei užsienio šalių (Suomijos, Švedijos, Prancūzijos, Didžiosios Britanijos, Rusijos, Kazachstano, Moldavijos, Ukrainos, Latvijos, Estijos, Lenkijos, Gruzijos, Kirgizijos, Armėnijos ir kt.).
Mokykla visada turėjo ir turi nuostatą – suteikti mokiniams galimybę dalyvauti įvairiuose Vilniaus miesto ir mokyklos renginiuose, įprasminančius mokymosi svarbą, o taip pat išnaudoti visas galimybes, siekiant paįvairinti ugdymo procesą.