Mokyklos tradicijos kuriamos, puoselėjamos ir perduodamos naujiems mokyklos bendruomenės nariams. Vienos tradicijos atsirado kartu su mokykla ir gyvuoja iki šiol, tik jų forma keitėsi. Kitos atsirado vėliau. Jos išliko arba nustojo gyvavusios.

Mokykla turi gražią tradiciją pradėti naujuosius mokslo metus mokyklos kieme, kai jame susirenka visi – mokiniai, mokytojai, mokinių tėvai, kiti mokyklos darbuotojai. Mokyklos kieme švenčiame Mokslo ir žinių šventę. Nusiteikiame mokytis, bendrauti, dalintis mintimis, naujomis žiniomis, įspūdžiais su draugais, tėvais ir mokytojais.

Kita tradicija – ketvirtokų išleistuvės. Jos yra dviejų dalių. Pirmąją sudaro iškilmingas pradinio ugdymo programos baigimo pažymėjimų įteikimo aktas. Juo rūpinasi trečių klasių mokiniai ir mokytojos, direktorius, pavaduotojos ir esant reikalui kiti pedagogai. Antroji išleistuvių dalis – mokinių išvyka. Ja rūpinasi klasės mokytoja ir mokinių tėvai.
Ketvirtokų tėvų atstovai savo palinkėjimus, sveikinimus ar prisiminimus gali palikti Vilniaus Medeinos pradinės mokyklos knygoje.

Nuo pat įkūrimo pradžios mokykla kaupia ir saugo medžiagą apie mokyklos gyvenimą. Kiekvienais mokslo metais ji segama į mokyklos metraštį.

Taip pat mokykla turi ir svečių knygą. Joje savo eiliuotą palinkėjimą 1996 m. gruodžio 20 d. mokyklos pedagogams paliko poetas Justinas Marcinkevičius ir monsinjoras Kazimieras Vasiliauskas, o taip pat ir kiti garbūs svečiai.

Labai smagu, kad mokykla puošiama mokinių ir mokytojų sukurtais darbais, iškabinami gauti diplomai ir padėkos už mokinių sėkmingą dalyvavimą miesto renginiuose.

Mokykloje rengiamos viktorinos (2003/2004 m. m. – „Esu gamtos vaikas“, 2004/2005 m. m. – „Gyvenu aš Lietuvoj“, 2005/2006 m. m. – „Sukit, sukit galveles“, 2006/2007 m. m. – „Sportas ir sveikata“, 2007/2008 m. m. – „Gamta – visų namai“, 2008/2009 m. m. – „Ką žinosi – ant pečių nenešiosi“, 2009/2010 m. m. – „Esu ketvirtokas“, 2010/2011 m. m. – „Mes žemės vaikai“, 2011/2012 m. m. – „Žinių karalystė“, 2012/2013 m. m. – „Po Medeinos skraiste“, 2013/2014 m. m. „Mes europiečiai“), konkursai (2014/2015 m. m. „Medis mano kieme“) Vilniaus miesto ketvirtų klasių mokiniams. Kaupiamos viktorinos užduotys, mokytojų atsiliepimai apie viktorinų ir konkursų organizavimą. Į juos atsižvelgiama organizuojant kitas viktorinas ir konkursus.

Didelis dėmesys skiriamas mokinių kūrybiškumui. Mokinių kūrybos žurnale „Medeina“ surinkti 1995 – 2013 metų darbai, puošti mokinių arba mokytojų sukurtais karpiniais.

Mokyklos bibliotekoje kaupiama ir kita medžiaga – projektų, viktorinų, konkursų.

Mokykloje švenčiamos valstybinės ir kalendorinės šventės. Mokyklos aplinka puošiama atitinkama simbolika, rengiamos mokinių darbų parodos, koncertai.
 
Graži mokyklos tradicija išskirtinai paminėti Tarptautinę teatro dieną – visiems drauge vykti į teatrą.
 

Mokykloje kiekvienais metais vyksta Šauniausiojo dviratininko varžybos, Šaškių varžybos, Kvadrato varžybos ir Rudens bėgimo estafetės. Taip pat tradicija mokykloje tampa Futbolo varžybos ir Sporto šventė.